En ella alcanzó los cuartos de final, convirtiéndose en el séptimo equipo español, tras Real Madrid, FC Barcelona, Valencia CF, Deportivo de la Coruña, Villarreal CF y Atlético de Madrid, en alcanzar dicha fase en la actual máxima competición europea. La supremacía que ostentaban los blancos en Madrid se vio entonces amenazada por un acuerdo del Athletic Club de Madrid, el 4 de octubre de 1939, con el Club Aviación Nacional. Ese mismo verano, Fernando Sanz, hijo del expresidente del Real Madrid, Lorenzo Sanz, se hizo con el control del 97% de las acciones de la sociedad, convirtiéndose en presidente del club. Ese día derrotó al equipo madrileño Agrupación Deportiva Ferroviaria por equipacion brasil 2022 cinco goles a dos, proclamándose campeón de la Copa Presidente. En la temporada 2001/02, el equipo experimenta una serie de variaciones en el organigrama tras el camiseta seleccion española fallecimiento de su propietario Antonio Asensio, siendo el directivo del Grupo Zeta Serafín Roldán el presidente que reemplaza al saliente Fernando Puche. En la temporada 1980/81, es nombrado presidente el señor Antonio Pérez-Gascón Cobos y con él llega al banquillo Antonio Fernández Benítez. Con el club de vuelta en la Segunda División y manteniendo un balance económico maltrecho, se avecinaba una aciaga época en la categoría de plata que había comenzado con el abandono de Pérez-Gascón de su cargo presidencial.
El 27 de agosto de 2002, el club conquistó la Copa Intertoto, que daba derecho a jugar la Copa de la UEFA. Así mismo, el Málaga CF está en el puesto 162 de la clasificación histórica de la Liga de Campeones de la UEFA de sus 513 participantes históricos. El 6 de noviembre de 2012, el equipo se clasifica para los octavos de final de la Liga de Campeones de la UEFA tras empatar a uno en San Siro contra el AC Milan. «European Championship 2000 – Full Details Final Tournament» (en inglés). «Copa Municipalidad de Córdoba» (en inglés). Tras su expulsión, el conjunto español logró contrarrestar el dominio inglés y anotó los dos tantos, obra de Luka Modrić y de Cristiano Ronaldo, supervigo para vencer el encuentro y la eliminatoria. La remodelación se inauguró el 14 de septiembre de 2006, con el encuentro Málaga C.F. El Atlético tuvo infinidad de ocasiones y disparos a puerta, pero Chiotis, el portero chipriota, estuvo muy atento durante todo el partido, y el conjunto visitante muy bien ordenado sobre el campo, por lo que el encuentro finalizó sin goles.
Javier Torres Gómez se hizo cargo de forma interina del equipo durante una semana y después llegó Abel Resino. El equipo ya era conocido por los seguidores malaguistas como el Super Málaga, debido a los jugadores de fama contrastada que estaban presentes en su plantilla. Sin embargo, uno de los detalles que más revuelo causó en esta equipación fue el león dorado que, bordado a modo de escudo, se colocó sobre el corazón de los jugadores. La segunda equipación emplea el morado y el verde, colores de la bandera de la ciudad. La bandera del Málaga Club de Fútbol está presente en los actos institucionales del club, como presentaciones de jugadores, ruedas de prensa, asambleas de socios, etc. Málaga Club de Fútbol, S. A. D.: (1994-Act.) Referéndum, cambio de denominación y conversión del CA Malagueño en una Sociedad anónima deportiva. El 19 de julio de 1941, el vicepresidente José Soriano Alba, propuso el cambio de denominación de Club Deportivo Malacitano a Club Deportivo Málaga. La alineación del Malacitano la conformaron: Albarracín; Chales, Gamero; Vides, Valle, Pequerull; Fernandito, Seijas, Puyol, Díaz y Berruezo.
El once malacitano lo formaron: Albarracín, Patricio, Chales, Vides, Adorna, Huete, Meri, Tomasín, Fernández, Díaz-Moreno y Liz. El Málaga llegaba a la última jornada tras once partidos sin ganar. El estadio del Málaga C.F. El himno del Málaga C.F. A día de hoy este himno continúa siendo el oficial para el Málaga Club de Fútbol. Tras una temporada marcada por el fracaso económico del club y nueva venta de jugadores, el Málaga descendió a Segunda División en la 2005/06, siendo la entidad puesta en venta. En 2007, el Málaga presentó un Expediente de regulación de empleo para prescindir laboralmente de quince personas; entre ellos, tres jugadores, Marcelo Romero, ‘Chengue’ Morales y Manu. En la temporada 2012/13, el Málaga realiza el mejor arranque de su historia en liga con tres victorias y un empate. En la temporada 1949/50, el Málaga ascendió por primera vez en su historia a Primera División. La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club. En la temporada 1992/93, el C.A. Malagueño, presidido por Antonio Domínguez Martín y dirigido en el banquillo por Fernando Rosas, jugaba en Tercera división Grupo IX y mantenía la base de la plantilla de la temporada anterior.
El 25 de mayo de 1948 se funda el Club Atlético Malagueño, actual Málaga Club de Fútbol con la plantilla del Club Deportivo Santo Tomás como base del nuevo equipo, para convertirlo en su filial. El 25 de mayo de 1948 se funda el Club Atlético Malagueño con la plantilla del Club Deportivo Santo Tomás como base del nuevo equipo, para convertirlo en filial del Club Deportivo Málaga. En él, caería en la primera eliminatoria ante el Real Club Deportivo de La Coruña. El descenso se confirmó matemáticamente el 19 de abril de 2018, a falta de cinco jornadas, tras caer en el minuto 90 por un gol a cero en el Ciutat de València ante el Levante U. D.. En el minuto 21, Colsa aprovechó el rechace de un mal despeje de Almunia con la cabeza para marcar desde fuera del área, raso, a puerta vacía. 7. Los estampados de rayas son, además del máximo exponente del estilo marinero, todo un ejemplo del charme francés.